교통장애인에 대한 각종 지원 사업 활동을 펼치고 있는 한국교통장애인협회가 지원금의 절반을 부적정하게 집행하고 있는 것으로 드러났국회 예산처가 분석한 2012년도 국고보조금 지원 민간단체인 교통장애인협회 월별 집행 내역에 따르면 보조금 8억 예산 중 장애예방 실천사업으로 4000만 원, 장애예방 홍보사업으로 1억 8000만 원, 장애인 복지사업으로 5억 8000만 원을 집행한 것으로 나타났다
이 중 주요 목적사업인 장애인복지사업비의 42.75%에 해당하는 3억 4200만 원이 일반관리비로 집행됐다. 그리고 3억 1700만 원이 인건비 등으로 집행됐다.

또한 세부 사업 중 장애예방 홍보사업의 경우 월간 <교통평화> 잡지 발행에 1억 4400만원을 집행해 전반적으로 고유 목적사업에 기여하는 사업의 발굴과 집행이 부적정하게 이루어진 것으로 분석했다.

또한 예산처는 국토부의 교통장애인협회에 대한 지원 법적 근거로 교통안전법 제9조를 들고 있으나 그 근거가 충분한 것으로 보이지 않다고 지적했다. 즉 유사한 목적 사업을 위해 설립된 여타의 민법상 비영리법인을 배제하고 교통장애인협회에 지속적이고 독점적으로 보조금을 지원하는 근거로는 불명확하다는 판단이다.

예산처 관계자는 "민간보조사업은 국가가 직접 수행할 필요가 충분함에도 민간이 행하는 것이 더욱 효율적이라고 보이는 사무 또는 사업에 대해 정책적 장려차원에서 실시하는 것이며, 원칙적으로 목적사업비 중심으로 지원하고 인건비·운영비 등 간접비에 대한 지원은 최소화하는 것이 바람직하다"고 지적했다.

덧붙여 "교통장애인협회의 운영비 전부를 국고로 지원하는 현재의 지출구조를 개선하면서 사업목적과 부합하는 세부사업 비중을 늘리는 등의 변화 노력이 필요하다"고 주문했다.

한편 한국교통장애인협회는 민법 32조, 장애인복지법 63조에 의거해 설립된 국토교통부 산하 비영리 장애인 단체로 교통사고 예방과 교통장애인 복지 증진 업무를 주로 담당하고 있다.